Hola Juan Carlos, buena pregunta. 
Cuando trabajas con una consulta referencia, al cargarla al Modelo de datos no es necesario cargar también la consulta origen, a menos que la necesites visualmente en Excel. Power Query utilizará la consulta origen “por detrás”, aunque solo envíes la referencia al modelo.

En resumen: puedes cargar solo la consulta referencia y dejar la consulta origen como “solo conexión”.

Saludos,
 Julia – Equipo Deztaca