Buena pregunta. Muchas veces CSV es preferible porque es más liviano, por eso muchos sistemas exportan datos en CSV y no en Excel. En Power Query suele ir muy bien para consolidar grandes volúmenes y puede ser más rápido de procesar.
XLSX puede ser útil si necesitas aprovechar hojas, tablas o estructura adicional, pero como fuente de datos pura, CSV suele ser una muy buena opción.
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